Невозможно сделать одну универсальную настройку, которая подойдет для всех формул.
Поэтому целесообразнее иметь в одном окне специальной программы все инструменты индизайна для настройки позиции фрейма с формулой.
Видео:
https://youtu.be/4cVR2786pSA

Формулы MT-Script

Инструмент MT-Script прекрасен для быстрого размещения формул в вёрстке.
Но не всегда эти формулы смотрятся аккуратно.
Данный скрипт делает отбивки до и после формул одинаковыми.
Можно обрабатывать выделенную область и за один запуск программы оформлять, например, все формулы на развороте.
Видео:
https://youtu.be/B_88dg_1VaE

Для обоих решений есть демоверсии, их можно скачать по ссылке под картинкой с компакт-диском

https://shop.dotextok.ru/kategorii/product/view/1/56

В архиве в папках Info есть многостраничные pdf-файлы с описанием программ.

Демоверсии - полностью функкциональные решения, работающие с конкретными idml-файлами.

Ну и купить можно тут же, где этот зелёный компакт-диск.